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査読付き論文
25. Satoh A., Mitogawa K., Nishimoto Y., Miyuki S, Ken-ichi S, Ochi H., Makanae A.
Reactivation of larval keratin gene (krt62.L) in blastema epithelium during Xenopus froglet limb regeneratio
Dev. Biol., (2017) in press

24. Ochi H., Kawaguchi A., Tanouchi M., Suzuki N., Kumada T., Iwata Y., Ogino H.*
Co-accumulation of cis-regulatory and coding mutations during the pseudogenization of the Xenopus laevis homoeologs six6.L and six6.S
Dev. Biol., (2017)
427(1):84-92. doi: 10.1016/j.ydbio.2017.05.004

23. *Ochi H., Suzuki N., Kawaguchi A., Ogino H.
Asymmetrically reduced expression of hand1 homeologs involving a single nucleotide substitution in a cis-regulatory element.
Dev. Biol., (2017) 425(2):152-160. doi: 10.1016/j.ydbio.2017.03.021

22. Session AM., Uno Y., Kwon T., ……Ochi H., (74名中15番目)……Fujiyama A., *Harland RM., *Taira M.,*Rokhsar DS., Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis, Nature., (2016) doi: 10.1038/nature19840

21.*Watanabe M., Yasuoka Y., Mawaribuchi S., Kuretani A., Ito M., Kondo M., Ochi H., Ogino H., Fukui M., Taira M, *Kinoshita T.
Conservatism and variability of gene expression profiles among homeologous transcription factors in Xenopus laevis.
Dev. Biol., (2016

20. Yokoe M, Takayama-Watanabe E, Saito Y, Kutsuzawa M, Fujita K, Ochi H, Nakauchi Y, *Watanabe A.
A Novel Cysteine Knot Protein for Enhancing Sperm Motility That Might Facilitate the Evolution of Internal Fertilization in Amphibians.
PLoS One. (2016) Aug 31;11(8):e0160445. doi: 10.1371/journal.

19. *Tanaka T., Ochi H., Takahashi S., Ueno N.,Taira M.
Genes coding for Cyclin-dependent Kinase Inhibitors are Fragile in Xenopus.
Dev. Biol
., (2016) doi: 10.1016/j.ydbio.2016.06.019. in press

18. Suzuki N., Hirano K., Ogino H. and *Ochi H.,
Identification of distal enhancers for Six2 expression in pronephros., Int. J. Dev. Biol., 59(4-6):241-6. (2015) doi: 10.1387/ijdb.140263ho.

17. Hayashi S., Ochi H., Ogino H., Kawasumi A., Kamei Y., Tamura K.,and *Yokoyama H., Transcriptional regulators in the Hippo signaling pathway control organ growth in Xenopus tadpole tail regeneration., Dev. Biol., 396(1):31-41.(2014)

16. Yajima H., Suzuki M., Ochi H., Ikeda K., Sato S., Yamamura KI., Ogino H., Ueno N., *Kawakami K., Six1 is a key regulator of the developmental and evolutionary architecture of sensory neurons in craniates., BMC Biol., 12(1):40. (2014)

15. Ochi, H., Tamai, T., Nagano, H., Kawaguchi, A., Sudou, N. and *Ogino, H.
Evolution of a tissue-specific silencer underlies divergence in the expression of Pax2 and Pax8. Nature Communications 3, Article number: 848 (2012)

14. Kawaguchi, A., Ochi, H., Sudou, N. and *Ogino, H.
Comparative expression analysis of the H3K27 demetylases, JMJD3 and UTX, with the H3K27 methylase, EZH2 in Xenopus.
Int. J. Dev. Biol., 56: 295-300 (2012)

13. *Ogino, H., Ochi, H., Reza, H. M., and Yasuda, K.
Transcription factors involved in lens development from the preplacodal ectoderm. Dev. Biol., 363: 333-47 (2012)

12. Hosokawa, Y., Ochi, H., Iino, T., Hiraoka, A. and Tanaka, M.
Photoporation of biomolecules into single cells in living vertebrate embryos induced by a femtosecond laser amplifier.
PLoS ONE, 6(11): e27677 (2011)

11.Yokoyama, H., Maruoka, T., Ochi, H., Aruga, A., Ohgo, S., Ogino, H. and Tamura, K.
Different requirement for Wnt/β-catenin signaling in limb regeneration of larval and adult Xenopus. PLoS ONE, 6(7): e21721 (2011)

10. Sato, S., Ikeda, K., Shioi, G., Ochi, H., Ogino, H., Yajima, H. and Kawakami, K.
Conserved expression of mouse Six1 in the pre-placodal region (PPR) and identification of an enhancer for the rostral PPR.
Dev. Biol., 344(1):158-171 (2010)

9. Sakamoto, K., Onimaru, K., Munakata, K., Suda, N., Tamura, M., Ochi, H. and *Tanaka, M. Hetrochronical shift in Hox-mediated activation of Sonic hedgehog led to the  morphological changes during vertebrate fin evolution.
PloS ONE, 4(4): e5121 (2009)

8. Ochi, H. and *Westerfield, M.
Lbx2 regulates formation of myofibrils. BMC Dev. Biol., 9: 13 (2009)

7. *Ogino, H. and Ochi, H.
Resources and transgenesis techniques for functional genomics in Xenopus.
Dev. Growth. Differ., 51: 387-401 (2009)

6. Ochi, H., Hans, S. and Westerfield, M.
Smarcd3 regulates zebrafish myogenesis onset.
J. Biol. Chem., 283: 3539-3536 (2008)

5. Ochi, H. and *Westerfield, M.
Signaling networks that regulate muscle development: lessons from zebrafish.
Dev. Growth. Differ., 49: 1-11 (2007)

4. Ochi, H.,Pearson, B. J.,Chuang, P.,Hammerschmidt, M. and *Westerfield, M.
Hhip regulates zebrafish muscle development by both sequestering Hedgehog and modulating localization of Smoothened.
Dev. Biol., 297: 127-140 (2006)

3. Ochi, H., Sakagami, K., Ishii, A., Morita, N., Nishiuchi, M., Ogino, H. And *Yasuda, K.
Temporal expression of L-Maf and RaxL in developing chicken retina are arranged into mosaic pattern. Gene Expr. Patterns., 4: 489-494 (2004)

2.  Ochi, H., Ogino, H., Kageyama, Y. and *Yasuda, K.
The stability of the lens-specific Maf protein is regulated by fibroblast growth factor (FGF)/ERK signaling in lens fiber differentiation.
J. Biol. Chem., 278: 537-544 (2003)

1. Itakura, T, Mahata, S, Hirano, M, Ochi, H. and *Ogino, Y.
Cytochrome P450 1A1 cDNA from freshwater teleost medaka (Oryzias latipes)and induction of mRNA by 3-methylcholanthrene in various organs.
Environmental Sciences 9.6, 463-473 (2002)

著書

4. 川口茜、越智陽城、須藤則広、*荻野肇
ヒストン脱メチル化因子Jmjd3による眼形成遺伝子Pax6の発現制御
21世紀の遺伝学(XI) GSJコミュニケーションズ 日本遺伝学会幹事会編集 89巻4号、p8 (2015)

3. *Ochi, H., Kawaguchi, A. and *Ogino, H.
Differential use of paralogous genes via evolution of cis-regulatory elements for divergent expression specificities, New Principles in Developmental Processes, Springer, Chapter 21 (2014), Kondoh, Hisato, Kuroiwa, Atsushi (Eds.)

2. *Ogino, H., Ochi, H., Uchiyama, C., Louie, S. and *Grainger, R. M.Comparative genomics-based identification and analysis of cis-regulatory elements.
Xenopus Protocols, 2nd edition: Post-Genomic Approaches, Methods in Molecular Biology (Humana press), Chapter 17 (ISBN-10: 1617799912; ISBN-13: 978-1617799914).

1. *安田國雄、吉田智則、越智陽城
水晶体特異的な発現制御機構
掲載図書:ゲノムからの情報発現
シュプリンガーフェアラーク東京 p189-196 (2002)

その他
越智陽城
発現調節配列の変化を探る
生命誌ジャーナル76号冬号 (2013) (JT生命誌研究館)
http://www.brh.co.jp/seimeishi/backnumber/2012/

学会賞等の受賞
4. 日本動物学会 奨励賞 (平成29年度)
3. 山形大学研究推進報奨 2015年3月
2.  山形大学研究推進報奨 2014年3月
1.  第45回日本発生生物学会 第64回日本細胞生物学会 合同大会
若手優秀ポスター賞 2012年5月

競争的研究資金の獲得状況
19. 科研費 基盤研究 (B) 平成29-31年度 (予定) 分担 (研究代表者: 道上達男)
18. 科研費 基盤研究 (B) 平成28-31年度 (予定) 分担 (研究代表者: 田中幹子)
17. 科研費 基盤研究 (C) 平成28-30年度(予定) 研究代表者
16. 科研費 基盤研究 (C) 平成27-29年度 (予定) 分担 (研究代表者: 渡辺絵理子)
15. 山形大学先進的研究拠点 (YU-COE(C)) 平成26-28年度 (平成29年度継続) 拠点リーダー
14. テニュアトラック普及定着事業 (個人選抜型: 越智陽城) 平成25-28年度
(テニュア職への昇進に伴い平成26年度で終了)
13. 新学術領域 三次元構造を再構築する再生原理の解明 公募班 平成25-26年度 研究代表12. 新学術領域 ゲノムアダプテーションのシステム的理解 公募班 平成25-26年度 研究代表
11. 岸本基金研究助成 (財)千里ライフサイエンス振興財団 平成25年度、研究代表
10. 日本発生生物学会 17th International Congress of Developmental Biology
渡航費支援 平成25年度
9. 公益財団法人 武田科学振興財団 ライフサイエンス研究奨励 平成24年度 研究代表者
8. 日本学術振興会 若手研究 (B) 平成24-26年度 研究代表者
7. 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 個別共同利用 (亀井 保博 准教授) 平成24年度
6. 日本科学協会 平成24年度海外発表促進助成 平成24年度
5. 日本学術振興会 若手研究 (B) 平成21-23年度 研究代表者
4. 稲盛財団 平成21-22年度 研究代表者
3.  科学技術振興機構 シーズ発掘試験 平成21年度、研究代表者
2. 日本科学財団 笹川科学助成金 平成21年度 研究代表者
1. 奈良先端科学技術大学院大学支援財団 海外渡航費支援 平成13年度

講演等

19. †越智陽城、鈴木菜花、平野高大、荻野肇
再生シグナルに応答する非コードDNA領域から迫る再生を可能とさせる転写制御メカニズムの理解 (シンポジウム: 再生研究の新機軸 – 不可能を可能とする内在性プログラムの探索 – ) 福島県 第121回日本解剖学会総会 2016年3月

18. †Ochi, H., Suzuki, N., and Ogino, H.
Have Mammals Lost the Regenerative Ability though the Loss of Regeneration Signal Response Elements?  International Meeting on Aquatic Model Organisms for Human Disease and Toxicology Research、愛知県 基礎生物学研究所、2016年3月

17. 鈴木菜花、平野高大、荻野肇、†越智陽城
両生類のゲノム情報とトランスジェニックシステムを利用した再生に応答するゲノム領域の解析 (シンポジウム: 新たな兆し~ネッタイツメガエル・アフリカツメガエルの研究舞台より)、第86回日本動物学会、新潟県、2015年9月

16. †越智陽城
再生シグナル応答エンハンサーの活性化メカニズムから探る組織再生の理解、
次世代両生類研究会 第1回会合、愛知県 基礎生物学研究所、2015年8月

15. †Ochi, H., and Ogino, H.
Genome duplications and evolution of gene expression – What can artificial genome duplicated vertebrate embryos tell us about WGDs? –
シンポジウム Genome duplication: integrating comparative genomics, population genetics, and experimentally synthesised polyploids、日本進化学会第17回大会、東京都 中央大学、2015年8月

14. †Ochi, H., and Ogino, H.,
全ゲノム倍化直後の脊椎動物胚の遺伝子発現動態 第37回日本分子生物学会, ワークショップ: 生態進化発生学 (Eco-Evo-Devo)とは言うけども、神奈川県、2015年11月

13.†越智 陽城
人工的にゲノムを倍化させたネッタイツメガエル胚の遺伝子発現解析
第86回日本遺伝学会、 (ワークショップ: ゲノム編集技術と両生類遺伝学の最先端)
2014年9月 滋賀県長浜市

12. †越智 陽城  (シンポジウムオーガナイザー: 渡邊 明彦、越智 陽城)
比較ゲノミクスと両生類のトランスジェネシスを用いた腎再生に関わるシス調節配列の同定
第85回 日本動物学会 (第34回胚誘導と形態形成•第24回イモリ•ネットワーク共同シンポジウム -ゲノム情報と胚誘導•形態形成研究のクロストーク)、2014年9月、宮城県仙台市

11. Nanoka Suzuki, Kazuyuki Hoshijima, Hajime Ogino and †Haruki Ochi
(ワークショップオーガナイザー: 渡邊 明彦、越智 陽城), Identification of cis-regulatory module for the glomerular regeneration using comparative genomics and transgenesis techniques for amphibian, International Workshop on Developmental and Regeneration Biology in Yamagata、2014年9月10日 山形県山形市

10. †Haruki Ochi, Hoshijima K. and Ogino H.
Manipulation of On-Off switch for gene expression using TALEN: an advanced tool for genome engineering, International Workshop on “Energy Devices and Nanotechnology, 2014年3月

9. †越智陽城
ゲノム進化からみた疾患発症•組織再生メカニズムの理解
「生物から医学、そして医療へ」(世話人: 山形大学医学部教育支援センター)
2013年4月

8. †Haruki Ochi
Evolution of cis– regulatory elements after whole genome duplications.
パリ第6大学ピエール マリー キュリー(世話人: Staff Scientist, Momose Tsuyoshi)
2012年9月

7. †越智陽城、荻野肇
ゲノム倍化によるシス調節機構の進化
日本進化学会第14回大会 首都大学東京 2012年8月

6. †越智陽城
ゲノム倍化による遺伝子発現調節機構の進化
京都大学情報科学研究科 セミナー  京都大学 2012年6月 (世話人: 京都大学助教 前川真吾)

5. †越智陽城
Skeletal muscle development in zebrafish.
第5回関西小魚セミナー 京都大学農学部 2010年7月 (世話人: 京都大学助教 木下 政人)

4 †越智陽城,
筋形成における分化タイミング調節のメカニズム
Molecular mechanisms underlying induction of myogenesis in zebrafish
-Smarcad3 regulates the zebrafish myogenesis onset-,
奈良先端科学技術大学院大学GCOEセミナー 2008年1月 (世話人: 奈良先端大准教授 荻野 肇)

3. †Haruki Ochi
Molecular mechanisms underlying induction of myogenesis in zebrafish.
-Smarcd3 regulates the timing of zebrafish myogenesis onset-
東京大学農学部浜名湖実験センター  2007年9月  (世話人: 東京大学助教 菊池 潔)

2. †Haruki Ochi
Molecular mechanisms underlying skeletal muscle development in zebrafish.
ゼブラフィッシュの器官形成とイメージング  国立遺伝学研究所 2007年3月

1. †越智陽城、安田國雄
L-Mafのリン酸化・分解制御による水晶体細胞の分化調節機構
第2回 転写研究会 茨木 2003年1月

国際学会

17. Suzuki, N., Kumada, T., Ogino, H., and †Ochi, H.
Evolutionary conserved regeneration signal response enhancers for renal regeneratio, The 16th Xenopus international conference, Crete, Greece, 2016

16. †Ochi, H., Kawaguchi, A. and Ogino, H.
Evolution of a tissue-specific silencer underlies diversification of paralogous genes17th International Congress of Developmental Biology, Cancun, Mexico, 2013

15. †Ochi, H., Tamai, T., Nagano, H., Kawaguchi, A., Sudou, N. and Ogino, H.Paralogous enhancers: a crossover point between developmental robustness and Stress response. The 14th Xenopus international conference, Toulon, France, 2012

14. †Ogino, H., Ochi, H., Tamai, T., Nagano, H., Kawaguchi, A. and Sudou, N.
Evolution of a tissue-specific silencer underlies divergence in the expression of paralogues. The 14th Xenopus international conference, Toulon, France, 2012

13. †Takahashi, S., Toyoda, A., Kuroki, Y., Uno, Y., Izutsu, Y., Suzuki, A., Michiue, T., Ogino, H., Ochi, H., Tanaka, T., Fukui, A., Ito, Y., Ueno, N., Asashima, M., Matsuda, Y.,Taira, M. and Fujiyama, A. Analysis of the Xenopus laevis J-strain genome by BAC end sequencing FISH, and RNA-sequence. The 14th Xenopus international conference, Toulon, France, 2012

12. †Yajima, H., Suzuki, M., Ochi, H., Ikeda, K., Sato, S., Ogino, H., Ueno, N. and Kawakami, K. Key regulator for development and evolutionary switch form Rohon-Beard cells to dorsal root ganglia. ISDB 71th Annual Meeting, Montreal, Canada, 2012

11. †Ochi, H., Tamai, T., Nagano, H., Kawaguch, A., Sudou, N. and Ogino, H. Conservation and diversification of cis-regulatory mechanisms for pax2/5/8 paralog group in chordates. The American Society for Cell Biology (ASCB) Annual Meeting, Denver, Colorado, USA, 2011

10.† Yokoyama, H., Maruoka, T., Ochi, H., Aruga, A., Ohgo, S., Ogino, H. and Tamura, K. Different involvement of Wnt/β-catenin signaling in limb regeneration of larval and adult Xenopus. EMBO Conference Series (3rd) “Molecular and Cellular basis of Regeneration and Tissue, Portugal, 2011

9.  †Kawaguchi, A., Ochi, H., Sudou, H., Okano, M. and Ogino, H.
Functional analysis of the histone H3K27 methyltransferase and demethylase in Xenopus embryonic development. The 16th International Conference of the international Society of differentiation, From Stem Cells to Organisms November, Nara, 2010

8. †Ochi, H., Uchiyama, C., Kawaguchi, A. and Ogino, H.
Evolution of a fail-safe regulatory system for kidney development.
The 16th International Conference of the international Society of differentiation,
From Stem Cells to Organisms November, Nara, 2010

7. †Yajima, H., Suzuki, M., Ochi, H., Ikeda, K., Sato, S., Ogino, H., Ueno, N. and Kawakami, K. Six1 acts as a molecular switch of primary sensory systems from Rohon-beard cells to DRG neurons. Transcriptional meeting, Singapore, 2010

6. †Ochi, H., Hans, S. and Westerfield, M.
Molecular mechanisms underlying induction of myogenesis in zebrafish.
2007 Zebrafish Meeting, Amsterdam, the Netherlands, 2007

5. †Ochi, H., Hans, S. and Westerfield, M. Baf60c, a subunit of the Chromatin remodeling factor, and Ntl cooperatively regulate early myogenesis in zebrafish. 2006 Zebrafish Meeting, Madison, USA, 2006

4. †Ochi, H., Wegner, J., Pearson, B., Chuang, PT., McMahon, AP., Hammerschmidt, M. and Westerfield, M. Hhip regulates zebrafish muscle development by sequestering Hedgehog and promoting internalization of Smoothened. 2005 West coast Zebrafish Meeting, Oregon, USA, 2005

3. †Ochi, H., Wegner, J., Pearson B., Chuang, PT., McMahon, AP., Hammerschmidt, M. and Westerfield, M. Cooperation between Hhip1 and Patched regulates zebrafish skeletal muscle development. 4th European Zebrafish Genetics and Development Meeting, Doresden, Germany, 2005 

2. †Ochi, H.and Yasuda, K.
FGF/ERK signaling regulates function of L-Maf, a lens differentiation factor. 2002 FASEB Summer Research Conferences Transcriptional regulation during Cell Growth, Differentiation and Development, Vermont, USA, 2002

1.  †Ochi, H., Ogino, H.and Yasuda, K.
Regulation of lens differentiation factor L-Maf by phosphorylation. Cold Spring Harbor Laboratory Meetings ‘Mechanisms of Eukaryotic Transcription’ Cold Spring Harbor Laboratory, USA, 2001